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Publié le 23 mai 2022 | Mis à jour le 2 novembre 2023

AEROBICS: Analysis and Epigenetic Recognition Of dysBalanced Immune Cell plaSticity

Partenaire 1. Hector HERNANDEZ-VARGAS, TGFb and Immune Response, CRCL. TERI Department.
Partenaire 2. Celine ROBARDET, Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), CNRS, INSA

Cette proposition avait pour objectif général de stimuler l'utilisation de nouvelles technologies de séquençage dans les applications translationnelles du cancer. Plus précisément, pour aborder la question de la plasticité immunitaire dans le cancer, nous avons formé un consortium avec une expertise complémentaire en apprentissage automatique, en épigénomique et en immunologie du cancer.

Méthodologie

En utilisant des échantillons standardisés et de nouveaux algorithmes d'apprentissage automatique, nous sommes désormais en mesure de détecter toutes les principales formes de méthylation de la cytosine (c'est-à-dire CpG et CpH). Recrutement d'un étudiant en Intelligence Artificielle financé par PLASCAN et co-encadré par les deux PI de cette proposition.

Résultats

  1. Mettre en place un pipeline pour le traitement bioinformatique des données brutes de séquençage des nanopores. Ce pipeline est capable de produire des résultats de manière semi-supervisée et systématique et intègre les algorithmes d'apprentissage automatique les plus récents publiés par Oxford Nanopore qui permettent une grande précision d'appel de base.
  2. Intégrer les informations de méthylation de l'ADN dans un pipeline de séquençage de nanopores à partir de données de séquençage brutes. Il s'agit d'un type d'information clé qui permettra d'identifier correctement les types de cellules pertinents pour la progression du cancer.
  3. Validation du pipeline dans les génomes courts (virus de l'hépatite B et ADN mitochondrial pour fournir de nouvelles informations moléculaires, éclairer la présence controversée de la méthylation de l'ADN dans l'ADNmt, non seulement en contexte CpG (5mCpG) mais aussi en contexte non CpG (5mCpH) a modification particulièrement difficile à étudier avec les méthodologies traditionnelles. type de données.

Valorisation

Goldsmith C, et al. Le séquençage des nanopores ciblés par Cas9 révèle une hétérogénéité épigénétique après l'assemblage de novo de génomes du virus de l'hépatite B natifs de pleine longueur. Microb Genom. 2021

Goldsmith C, et al. Faible fluctuation biologique des mitochondries CpG and non-CpG methylation at the single-molecule level.Sci Rep. 2021 Apr 13;11(1):8032.